生态地质致力于研究自然环境自身变化所引起的次生环境问题、人类活动作用于周围环境所引起的次生环境问题以及生态系统、生物多样性减少等问题。生态地质调查是为生态建设与保护服务的环境地质调查与研究工作，旨在恢复、保护和治理受损生态地质环境，促进人与自然和谐共生。

2020年，为深入贯彻落实习近平总书记视察吉林重要讲话重要指示精神，省水文所组建了生态地质调查专业队伍，主动担负起我省生态环境保护、修复责任，先后在长春、松原、四平等地开展了工作，重点开展了《吉林省重点湖泊（查干湖）区域生态地质调查》项目工作，取得了阶段性地质成果，为查干湖区域的生态环境系统恢复、保护和治理提供了强有力的地质数据支撑。

2021年10月，省水文所承担完成了《吉林省黑土地保护与开发利用地质调查项目1:5万土壤采样》榆树区块土壤采样工作，共完成5445个黑土地土壤样品的采集，圆满完成了工作任务，且全部质量达标。